《骷髅人》的故事设定在一个"架空的时代"的"架空的日本"中，综合故事舞台则是一个在被称为"影之都"的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的"反英雄"未知主角在这个架空的舞台上，综合在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄，一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄，在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁?这是本作品的一个特色，不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角?可能是貌似善良无能的神父?可能是大伴集团的骨干分子?可能是有名无实的警方?可能是路人A或提供情报者B?现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后……
陶喆
回复 :三个外星人因看中电视购物中的按摩毯决定飞往地球，谁知途中飞船坠毁，意外遇见小男孩Luis并与其成为好友。因Luis父亲痴迷于证明太空中智慧生命的存在，而忽略了儿子，导致Luis十分孤独，没有朋友。甚至被校长建议送去寄宿学校。为避免被送去寄宿学校，一场狂乱的冒险就此展开。
向月
回复 :就读英国贵族学校的威廉·特怀宁（江口拓也 配音），因为破产付不起高昂的学费，在家中试图寻找隐藏的金库时，无意中触动了魔法阵，把恶魔但他林（寺岛拓笃 配音）召唤出来。他自称为魔界大公爵，是魔界代理王的最佳人选，还说威廉是所罗门的后裔，是魔界“选定者”，拥有选定代理王的权利。作为一个相信科学的现实主义者，威廉认为但他林所说一切皆为胡言，还把他赶出家门。 再次回到学校的威廉，意外发现自己拖欠的学费已经交齐。不仅如此，班上突然多了一位插班生，而他居然就是但他林。但他林不仅帮威廉缴纳了学费，还时刻陪在身边保护他。与此同时，威廉遇到一个神秘的学生西迪（松冈祯丞 配音），他自称魔界子爵，同时也是代理王候补……关于魔界与人间，恶魔和现实主义者的故事，就此展开。
爸爸妈妈
回复 :在技术的尽头，发达至极限的超高度文明。由于过去的“感染”，失去了正常的机能而化作无秩序，并无限地增殖的巨大阶层都市。失去了都市控制权的人类，沦为被防卫系统“安全警卫”驱除、抹杀的存在。在都市的一角苟延残喘的“电基渔师”的村民们，也在安全警卫的威胁与慢性的食粮不足之下，濒临灭绝的危机。少女祖露为了拯救村子而踏上寻找食粮之旅，却立即被“监视塔”检测到，并遭到安全警卫群的袭击。在伙伴被杀，退路被断之时出现的是，寻找着被称为“使这个世界正常化的钥匙”的“网络终端遗传因子”的探索者·雾亥。
